Pendik’in en eski ve en köklü okullarından olan Pendik Lisesi 1938-1939 eğitim ve öğretim yılında Kadıköy Ortaokulunun bir şubesi olarak, Camiikebir ( Çarşı Camii) yanında kira ile tutulan ahşap, küçük Azaryan Köşkünde faaliyete başlar.Bir sonraki eğitim ve öğretim yılında Gazi Paşa Caddesindeki Özel İdareye ait 63 numaralı binada eğitimi devam ettirir. Aynı öğretim yılında Kadıköy Ortaokulundan ayrılarak, Pendik Ortaokulu adı altında müstakil müdürlük verilir ve Naci EKER okul müdürlüğüne tayin edilir. Müstakil olarak kurulduğu zaman okulumuz,1 müdür başyardımcısı, 1 müdür yardımcısı, 1 doktor, 1 memur ve 17 öğretmenden oluşuyordu. 1941-1958 yıları arasında Mustafa GÖKSEL, okulun müdürlüğünü yapar.