Pendik’te Paleolitik Dönem’in gezginci-avcı yaşamın yerini, çiftçiliğe dayalı yeni bir yaşam biçimi almıştır. Balıkçılıkla da uğraşan yeni köylerin oluşturulduğu Neolitik Dönem’de (MÖ 6600 – 5800) toplum yaşamında köklü değişiklikler yaşanmıştır.
Bu dönemde buğday ve arpa gibi tahıllar, baklagiller tarımsal üretimin ilk öğeleridir. Tarımın yanında sığır ve koyun gibi hayvanlar evcilleştirilerek hayvancılığa ilişkin ilk adımlar atılır. Yine bu dönemde inanç sistemleri, ticaret ve mülkiyet ilişkileri değişikliklere uğramış ve yeni bir yaşam biçimi doğarak üretimin devamlılığı yerleşikleştirilmiştir.
Bu yeni yaşam biçimi, araç ve gereçlerin gelişimini de etkilemiş, yiyecek içecek hazırlamak ve bunları saklamak için kilden kap kacak yapımını ortaya çıkarmıştır. Çalışmaların yapıldığı tarihlerde modern konutların ilk temellerini oluşturan evlerin yanında mezar izlerine de rastlanılmıştır.